Если ваш сервер использует Pure-ftpd, то по умолчанию сервер разрешает отображать только 2000 файлов.
т.е. в pure-ftpd по умолчанию через параметр LimitRecursion прописано отображать только 2000. Вы можете увеличить этот лимит для вашего FTP сервера.
Увеличить количество отображаемых файлов и папок можно через конфиг Pure-ftpd.
Открываем файл: /etc/pure-ftpd.conf
находим следующие строки:
# 'ls' recursion limits. The first argument is the maximum number of
# files to be displayed. The second one is the max subdirectories depth
LimitRecursion 2000 8
Устанавливаем другое значение которое вам необходимо, например 5000 (LimitRecursion 5000 8)
а вот второе значение этого параметра, это глубина вложений, можно оставить 8 а можно и увеличить
Сохраняем конфиг файл с новыми значениями, и перезапускаем FTP сервис
service pure-ftpd restart
В общем то и все., теперь вы сможете через своего FTP клиента увидеть все файлы которые расположены у вас на сервере.
