Перед установкой SSL сертификаты cron работал прекрасно и выполнял все команды. После установки SSL - перестал работать.
В данном случае вы можете попробовать ингнорировать ssl предупреждениям вызывая крон с командой -k. Вероятнее всего ssl уведомление останавливает крон задачу, когда она запускается автоматически.
Попробуйте сделать вызов в таком формате
/usr/bin/curl -k https://mydomain.com/crons/do_something.php